Sotto l'altare della nostra Basilica giacciono le spoglie di San Clemente, Martire romano. In un Santuario, come il nostro, dove è fortissima la devozione per la Vergine Maria, abbiamo seriamente rischiato di mettere nel dimenticatoio questo Martire pur avendo le sue reliquie sotto gli occhi. Della concessione delle reliquie di San Clemente si conserva la lettera con cui il Vaticano le affidava alla comunità di Trapani, datata 17 dicembre 1778. Inoltre, una scritta posta al centro dell'altare basilicale recita: "E coemeterio Ciriacae 1778. Drepani 1781". In questa scritta viene nominato il cimitero di Ciriaca che si trova a Roma, sulla via Tiburtina, precisamente sotto la chiesa di San Lorenzo al Verano.

Abbiamo la certezza che San Clemente fu veramente Martire perchè uno dei segni di riconoscimento affinchè il corpo di un uomo potesse essere attribuito ad un Martire era il ritrovamento accanto al corpo di un'ampolla contenente il sangue del defunto. E San Clemente, sotto l'altare a Trapani, reca in mano proprio un'ampolla con il suo sangue.
Un'altra caratteristica delle reliquie di San Clemente è la loro completezza: non è presente solo qualche osso, ma l'intero corpo, come peraltro confermato dalla lettera vaticana in cui si parla di affidamento del "corpo" del santo.